В центре сюжета — правительственный агент, случайно обнаруживающий инопланетный заговор по завоеванию Земли. В процессе расследования он находит таинственную жидкость, разработанную пришельцами для усиления своих воинов. Рискнув, агент использует её на себе и превращается в Прототип — сверхчеловека с необычными способностями. Теперь, обладая новой силой, он становится последней надеждой человечества на спасение от грядущей инвазии, погружаясь в опасную игру силы и интриг.