После крушения американской подводной лодки у берегов Гуама, адмирал Татибана подозревает, что за катастрофой стоит Годзилла, король монстров, возвращающийся разрушать Японию спустя десятилетия мирной жизни. Чтобы исследовать эту гипотезу, его дочь Юрико, телевизионный репортёр, начинает расследование. В ходе своего поиска она встречает старика Исаяму, который рассказывает ей о трёх мощных монстрах, каждый из которых владеет своей стихией: Кинг Гидора контролирует небеса, Мотра – морские глубины, а Барагон – землю. Теперь Юрико осознает, что только эти три существа могут противостоять Годзилле и предотвратить предстоящее разрушение.