В сердце ночи в исследовательском комплексе Black Mesa научный сотрудник Рейнольдс пробуждается от неожиданного визита офицера безопасности. Сообщается о катастрофе в одном из секторов, требующей медицинской помощи, но вскоре становится ясно, что произошедшее гораздо страшнее простой аварии. Комплексом овладевают инопланетные существа, способные зомбировать людей, в то время как спецназ пытается уничтожить всех свидетелей и угрозы. Весь хаос и надежды на спасение комплекса теперь зависят от одного человека в защитном костюме — Гордона Фримена.