Синдзи просыпается из комы, в которую попал, пытаясь спасти Рэй, захваченную мистическим существом, известным как Ангел. Он обнаруживает, что прошло 14 лет, но из-за проклятия «Евы» он и другие пилоты остались подростками. На Синдзи надет специальный ошейник, а его друзья теперь воюют против NERV под знаменем организации WILLE. Вопреки утверждениям Мисато о том, что Рэй больше не существует, она неожиданно появляется на новом роботе серии «Марк» и освобождает Синдзи из плена на воздушном линкоре WILLE, внося новые повороты в уже запутанную войну.