В 2035 году человечество почти полностью уничтожено чудовищным, неизлечимым вирусом, из-за которого пять миллиардов человек, или 99% населения Земли, погибли. Выжившие вынуждены скрываться в подземных убежищах. Уголовник Джеймс Коул добровольно соглашается отправиться в прошлое с помощью машины времени, чтобы помочь ученым выяснить причины катастрофы. Его миссия — найти источник вируса и разгадать тайну группы, известной как «Двенадцать обезьян», которая, как предполагается, связана с началом эпидемии. В своём путешествии через время Коул сталкивается с опасностями и сложностями, пытаясь изменить прошлое, чтобы спасти будущее.