Фильм исследует динамичную и захватывающую историю двух мутантов, которые вначале были не только союзниками, но и близкими друзьями. Зрители увидят, как профессор Ксавьер, обладающий способностью читать и контролировать разум, и Магнито, с его могущественными способностями управления металлом, вместе заложили основы школы для детей-мутантов. Это учреждение предназначалось для обучения молодых мутантов контролировать и использовать свои уникальные способности на благо мира. Однако, несмотря на общие цели, разногласия и различия во взглядах на коэкзистенцию мутантов и людей постепенно приводят к глубокому и болезненному разрыву между ними, что окончательно меняет ход их судеб и будущее всего мутантского сообщества.