Мирный Ретровилль внезапно атакован пришельцами, жизнь Джимми Нейтрона и его друзей кардинально меняется. Инопланетяне похищают родителей всех детей в городе, оставляя малышей без присмотра. Первоначальное чувство свободы быстро сменяется тревогой и тоской. Решив взять ситуацию в свои руки, Джимми со своей верной собакой-киборгом собирает команду и строит флот космических кораблей.