Пробуждение на металлоломной пустоши стало для Мата Нуи началом новой эпохи. Отважившись на долгий путь домой после победы в гладиаторских боях, он сталкивается с вызовами, которые превосходят все его предыдущие испытания. Жители местности просят его помощи в борьбе с безжалостным Скраллом и Охотниками за костями, угрожающими их существованию. Сформировав команду из смелых гладиаторов и крестьян Агори, Мата Нуи отправляется в путешествие через неведомые земли, чтобы раскрыть секреты «Бионикла», заложенные в его мистической судьбе и сплетенные во враждебных просторах, которые теперь станут ареной для новых героических деяний.