В мрачном будущем, когда корпорация Гайя практически подчинила себе весь мир, лишив людей свободы и надежды, на сцену выходит Харлок — космический пират и капитан зловещего корабля «Аркадия». Он объявляет войну всесильной корпорации, готов защищать Землю и восстановить права человечества. В его лице появляется фигура, которую многие считают героем, но для закона он всего лишь преступник. Окружённый верной командой отщепенцев, Харлок становится последней надеждой для тех, кто жаждет свергнуть жестокий режим и вернуть планете свободу.