В альтернативной реальности начала XX века молодая девочка Сита становится обладательницей Летающего Камня, предмета, вызывающего охоту со стороны жестоких правительственных агентов и алчных пиратов. Камень обладает неизмеримой ценностью и силой, способной открыть доступ к затерянному в облаках острову Лапута. Пытаясь убежать от своих преследователей, Сита встречает Падзу, парня своего возраста, работающего в шахтёрском городке. Вместе они отправляются в опасное путешествие, чтобы разгадать тайны Лапуты и обнаружить истинное значение и мощь Летающего Камня, который может изменить их мир навсегда.