Веселый и добрый мальчуган Кубо жил с матерью в тихой деревушке на берегу моря, наслаждаясь музыкой, шумом волн и обществом дружелюбных жителей. Его спокойная жизнь резко меняется, когда он узнаёт о своём наследии: его отец был великим самурайским воином, защитником беспомощных. После открытия, что никто больше не защищает людей, Кубо отправляется на поиски магического оружия отца, которое приносит удачу и защиту, чтобы продолжить дело своего рода.