Нео, Тринити и Морфеус продолжают лидировать в восстании против доминирующих машин, стремясь спасти человечество от уничтожения. Используя обширный арсенал высокотехнологичного оружия и свои уникальные боевые навыки, они углубляются в разгадку Матрицы. В ходе своих опасных приключений они раскрывают новые аспекты существования Матрицы и обнаруживают, что ключ к спасению всех лежит именно в руках Нео, который играет центральную роль в предопределенной судьбе человечества.