Маленькая рыбка по имени Поньо, дочь могущественного колдуна и морской богини, ускользает из подводного дома, тянущаяся к загадочному миру людей. Она случайно попадает в стеклянную банку, и её выбрасывает на берег, где её находит пятилетний мальчик Сосукэ. Между детьми сразу возникает крепкая дружба. Поньо восхищается человеческим миром и решает любой ценой стать человеком, чтобы никогда не расставаться со своим новым другом, что приводит к серии волшебных и неожиданных событий, которые ставят на карту судьбу обоих миров.