После трагической потери родителей молодая Мэри отправляется на фамильное поместье к дяде Арчибальду, где она сталкивается с множеством запретов, в том числе на свободное передвижение по дому. Заключенный в своей комнате кузен Колин и строгие правила дяди не могут удержать ее от исследований. Открыв секретную дверь в живой изгороди, Мэри находит вход в заброшенный, но волшебный сад, который становится ее укрытием. Со временем, вместе с новым другом, местным мальчиком-садовником Диконом, она решает втайне привести кузена в сад, надеясь, что это место оживит его дух и здоровье. Вопреки всем запретам, троица детей стремится найти исцеление и веру в чудеса в сердце этого тайного сада.